锰砂滤料一般是搭配设备一起使用。与无烟煤滤料、石英砂滤料、鹅卵石滤料的使用方法一样，填充时需要注意高度、粒径，计算好反冲洗损失，注意实时补料。
锰砂滤料主要用于降低水中铁、锰铁和锰总含量，即去除水中超标铁离子和锰离子。
锰砂滤料粒径过大时，滤料间孔隙大，过滤时，杂质穿透深度大，容易穿透滤层，影响出水水质。反洗时，只有较大的反洗强度才能松动滤层，否则会影响反洗效果；反洗不完全，会留下许多隐患，如：泥渣残留在滤层，残留泥渣结块，影响过滤时水流的均匀性。
锰砂滤料粒径过小时，滤料间孔隙小，过滤时，影响杂质穿透深度，增加水流阻力，造成水头损失增加过快，出水量下降等。
锰砂滤料的使用寿命，对含铁浓度高的地下水一般为3-5年，对含铁浓度低的地下水使用年限更长，甚至可达十年。
在天然锰砂滤池中，滤层上部锰砂会逐渐形成球状的“锈砂”，“锈砂”表面有一层“活性滤膜”，仍具有接触催化除铁能力，所以，形成“铁砂”，不是天然锰砂失效的标志。当“锈砂”变大，致使滤料粒径过粗而影响除铁效果时，才有必要更换部分滤料。所以，在施工过程中要注意是否有“锈砂”存在，如果有的话，一定要辨别清楚“锈砂”的大小，如果规格较小，可以继续使用，可以减少成本，如果规格较大，就需要换掉，以免影响过滤水质。
